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===                                  Jmol                                  ===
==============================================================================
     Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en 
        tres dimensiones, con prestaciones para compuestos químicos, 
                    cristales, materiales y biomoléculas.
==============================================================================

Jmol es un visor de moléculas y un editor; es de código abierto y está 
escrito en Java.

Toda la información está disponible en http://www.jmol.org/

Las preguntas o comentarios relativos a su uso deben enviarse a 
jmol-users@lists.sourceforge.net  (en inglés)

Las preguntas, comentarios y sugerencias relativos a su desarrollo deben
enviarse a jmol-developers@lists.sf.net  (en inglés)


Lista de archivos incluidos:
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1 == Archivos con información ==

1.1 === LEAME.txt ===
Este archivo.

1.2 === README.txt ===
La versión en inglés de LEAME.txt

1.3 === COPYRIGHT.txt ===
Información sobre los derechos de copia relativos a Jmol y a sus componentes de
terceros.

1.4 === LICENSE.txt ===
Los términos de uso y distribución de Jmol (licencia GNU LGPL).

1.5 === CHANGES.txt ===
Una lista histórica con las prestaciones añadidas en cada versión de Jmol.

1.6 === README-CHEMDOODLE.txt ===
Instrucciones sobre el uso de ChemDoodle junto con miniaplicaciones Jmol, 
y sobre la licencia de ChemDoodle (que es diferente de la de Jmol).


2 == Archivos por lotes ==
Estos archivos pueden usarse para iniciar la aplicación Jmol desde una consola
de instrucciones ("línea de comandos") y, en particular, para forzar una cierta 
combinación de parámetros
(véase http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application#Command_line_options).

2.1 === jmol ===
(Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol.)

2.2 === jmol.bat ===
Archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol en Windows.

2.3 === jmol.mac ===
(Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol.)

2.4 === jmol.sh ===
Un archivo de instrucciones para iniciar la aplicación Jmol en sistemas de tipo 
Unix, por ejemplo Linux, BSD, Solaris o Cygwin para Windows.


3 == Archivos de la aplicación Jmol ==
Ésta se usa como un programa autónomo.

3.1 === Jmol.jar ===
El archivo ejecutable de la aplicación Jmol (un programa escrito en Java). 
Funciona como cualquier otro programa: se abre en su propia ventana, se puede 
redimensionar o minimizar, se puede arrastrar y soltar archivos sobre él, tiene 
una barra superior de menú, puede abrir y grabar archivos, etc. Puede ejecutarse
desde la línea de comandos (particularmente, usando los archivos por lotes que 
se describen más arriba) pero, si Java está correctamente configurado en tu 
sistema, normalmente basta con hacer doble clic en este archivo.
(Para obtener más información, consulte 
http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application#Starting_Jmol_Application ).

3.2 === JmolData.jar ===
Esta es una versión reducida de Jmol.jar que carece de las capacidades de
visualización. De algún modo, contradice así el concepto (clásico) de lo que es
jmol, pero con JmolData y algunas instrucciones bien diseñadas es posible 
obtener casi cualquier información de un modelo y exponerla del modo que se 
quiera.

Funciona sólo desde la "línea de comandos" y está diseñada para extraer datos de
un modelo o grupo de ellos. Sólo pueden usarse instrucciones que no tengan 
relación con la visualización: hay enlaces pero no "varillas", átomos pero no
"esferas de puntos", hélices pero no "esquemáticos".


4 == Archivos de la miniaplicación Jmol ==
Éstos se usan como parte de páginas web, e incluyen:
 Archivos de miniaplicación | Bibliotecas Javascript principales 
  | Bibliotecas Javascript opcionales

4.1 === Archivos de miniaplicación ===

4.1.1 ==== JmolApplet0.jar  y  JmolApplet0(diversosSufijos).jar ====
Ésta es la miniaplicación, es decir, una versión del programa que sólo funciona
cuando se incluye dentro de una página web.

La miniaplicación se divide en varios trozos de acuerdo con su funcionalidad, de
modo que si una página no precisa determinado componente, éste no se descargará 
desde el servidor. Aun así, se recomienda que pongas todos los archivos 
JmolApplet0*.jar en el servidor, incluso si tus páginas no usan sus 
prestaciones, pues tanto el menú emergente como la consola permiten a los 
usuarios acceder a funciones de Jmol que tú no hayas previsto.

Esta versión subdividida es la que se usa de forma predeterminada si utilizas 
Jmol.js (que es el método recomendado). Para ello, basta usar la forma más 
simple de jmolInitialize(), indicando sólo la carpeta que contiene el conjunto
de archivos jar:
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar")
por ejemplo,
 jmolInitialize(".")  
      (si los archivos jar están en la misma carpeta que la página web)
 jmolInitialize("../jmol") 
      (si los archivos jar están en una carpeta paralela, llamada 'jmol')

4.1.2 ==== JmolAppletSigned0.jar  y  JmolAppletSigned0(diversosSufijos).jar ====
Una versión equivalente de la miniaplicación, pero en este caso "firmada" (un
término de seguridad en Java). Esto significa que el visitante de la página web
debe autorizarla para que se ejecute, pero al hacerlo conseguirá un acceso a
archivos con menos restricciones. Por ejemplo, podrá acceder a archivos en 
cualquier parte de su ordenador y en cualquier servidor web.

Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso pidiéndoles que acepten el 
"certificado" o que "confíen" en la miniaplicación (vea las observaciones a 
continuación). Debes tener esto en cuenta si decides usar JmolAppletSigned.jar.
Aparte de leer archivos, Jmol no usa actualmente otras posibilidades de las
miniaplicaciones firmadas, tales como acceso al portapapeles del sistema o
escritura de archivos. Utiliza esta versión sólo si sabes lo que estás haciendo
y has considerado las cuestiones de seguridad.

Para llamar a esta versión desde Jmol.js, utiliza la forma:
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", true)
o bien
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned0.jar")

Observaciones:
* La política de seguridad que solicita que se confíe en la miniaplicación
  podría no estar siempre activa en los sistemas de los usuarios.
* El mensaje solicitando permiso se mostrará para cada uno de los 14 o más
  archivos jar que se pueden cargar.
* El usuario puede tener la posibilidad de confiar en la miniaplicación de
  forma permanente y así evitar dar permiso cada vez que visite una página que
  utiliza Jmol.

4.1.3 ==== JmolApplet.jar ====
Se trata en este caso de la miniaplicación en forma de un archivo "todo en uno" 
o "monolítico", que se mantiene principalmente por compatibilidad con páginas
antiguas que lo invoquen explícitamente. 
Este archivo único es equivalente al conjunto de todos los archivos 
JmolApplet0*.jar, explicados más arriba.
El método recomendado es el uso de la versión subdividida (JmolApplet0.jar etc.).
En particular, Jmol.js utiliza de forma predeterminada la versión subdividida.

Te puede interesar utilizar este archivo si quieres mantener sencillo tu sitio 
web, o si sólo quieres actualizar un archivo jar cuando lleguen versiones nuevas
de Jmol. Sin embargo, este Jmol se cargará algo más lentamente que las versiones
subdivididas (descritas arriba), puesto que es preciso que se descarguen al 
equipo del usuario todos los módulos (2,4 MB en total), sean o no necesarios,
antes de que se pueda mostrar una estructura.

Para llamar a JmolApplet.jar desde Jmol.js:

a) ponlo en la misma carpeta que contiene la página HTML que lo
   requiere y no uses jmolInitialize()
   
o bien

b) identifícalo explícitamente en jmolInitialize(), por ejemplo:
   jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolApplet.jar")

4.1.4 ==== JmolAppletSigned.jar ====
Una versión equivalente de la miniaplicación monolítica, pero en este caso es 
una miniaplicación "firmada" (terminología de seguridad en el lenguaje Java). 
Esto significa que para ejecutarse debe previamente ser autorizada por el 
usuario visitante de la página web y, de ser así, habrá menos restricciones de 
seguridad para el acceso a archivos. Por ejemplo, podrá acceder a archivos en 
cualquier parte del ordenador del usuario y en cualquier otro servidor web.

Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso preguntándoles si quieren 
"aceptar el certificado" o si "confían" en la miniaplicación; sin embargo, esta 
prestación de seguridad no siempre está activada. Si decides usar 
JmolAppletSigned.jar, debes tener esto en cuenta. Aparte de la lectura de 
archivos, Jmol no utiliza ninguna otra capacidad propia de las miniaplicaciones 
firmadas, como acceder al portapapeles del sistema o grabar archivos. Utiliza la
miniaplicación firmada sólo si sabes lo que estás haciendo y has tenido en 
cuenta las cuestiones de seguridad.

Para llamar a JmolAppletSigned.jar desde Jmol.js:
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned.jar")

4.1.5 ==== Notas ====
Teniendo en cuenta las descripciones anteriores, observarás que el paquete
de distribución de Jmol contiene 4 copias completas de la miniaplicación
(firmada o no, subdividida o no).


4.2 === Bibliotecas Javascript principales ===

4.2.1 === Jmol.js ===
Ésta es la biblioteca de funciones clásica, escrita en el lenguaje JavaScript, que ayuda 
en la preparación de páginas web que usen la miniaplicación Jmol sin necesidad 
de conocer y escribir código detallado específico para la miniaplicación.

Esta biblioteca usa por defecto la versión subdividida de la miniaplicación 
(firmada o no).

Está documentada en detalle en http://jmol.org/jslibrary/ 

Jmol.js irá siendo sustituida, a partir de Jmol v13, por el nuevo conjunto de
archivos .js del método orientado a objetos (descritos a continuación).

4.2.2 ==== JmolApplet.js ====
Crea el objeto para una miniaplicación Jmol.
 
4.2.3 ==== JmolCore.js ====
Contiene las funciones necesarias para las miniaplicaciones Jmol pero
que no debe usar el autor de páginas web (funciones privadas).

4.2.4 ==== JmolControls.js ====
Apoyo para controles de la interfaz de usuario, como botones, enlaces, casillas
de verificación, etc. 

4.2.5 ==== JmolApi.js ====
Contiene la 'interfaz de programación de la aplicación', es decir, las 
funciones que puede usar el autor de la página web para interaccionar con las 
miniaplicaciones Jmol.


4.3 === Bibliotecas Javascript opcionales ===

4.3.1 ==== JmolCD.js ====
La extensión ChemDoodle: proporciona los medios para usar ChemDoodle Web Components 
(que emplea JavaScript + HTML5 canvas o WebGL) en lugar de las miniaplicaciones
Jmol, para sistemas en los que Java no esté disponible.

4.3.2 ==== JmolGLmol.js ====
La extensión GLmol: proporciona los medios para usar GLmol (que emplea WebGL +
JavaScript) en lugar de las miniaplicaciones Jmol, para sistemas en los que 
Java no esté disponible

4.3.3 ==== JmolJME.js ====
Proporciona los medios para añadir una miniaplicación JME a la página web
(dibujo de fórmulas en 2D) y para su comunicación con miniaplicaciones Jmol.

4.3.4 ==== JmolJSV.js ====
Proporciona los medios para añadir una miniaplicación JSpecView a la página web
(visor de datos de espectros) y para su comunicación con miniaplicaciones Jmol.


5 == Aplicaciones y miniaplicaciones accesorias ==

5.1 === ChimeToJmol.jar ===
No documentada y experimental.
Una aplicación para convertir páginas html que usan Chime en páginas con
miniaplicaciones Jmol. 

5.2 === JSpecViewApplet, JSpecViewAppletSigned ===
Las versiones firmada y no firmada de la miniaplicación JSpecView, un visor
de datos de espectros que puede intercomunicarse con miniaplicaciones Jmol. 
(Véase más arriba el archivo de soporte .js) 

5.3 === JmolSmilesApplet.jar ===
Este archivo no se incluye actualmente en el paquete de distribución, pero
puede obtenerse del sitio de desarrollo.

Se trata de una miniaplicación liviana, sin una interfaz visible, que permite
verificar códigos SMILES. Esto es especialmente útil para comparar 
estereoquímica, por ejemplo con estructuras dibujadas usando la miniaplicación
JME.

La misma funcionalidad está incluida en la miniaplicación normal JmolApplet.

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